本教程这一部分介绍创建sander输入文件所需要的AMBER程序/工具, sander将使用它们执行非标准残基的能量最小化和分子动力学模拟. 本节采用的主要程序是LEAP: 它是一个读入力场, 拓扑结构和坐标信息, 并生成正式计算(即能量最小化, 分子动力学, 分析...)所需文件的程序 ...